Almoloya proviene del náhuatl atl, que significa agua; molloni, manar y yan, lugar; se interpreta como: "lugar donde mana el agua".

Esta región en la época prehispánica fue habitada por matlatzincas y cohuixcas; posteriormente, por los nahuas y los purépechas, quienes rendían tributo a la Triple Alianza Tenochtitlan-Tacuba-Texcoco. A la llegada de los españoles se propagó el temor y las enfermedades, ya que durante el Virreinato disminuyó la población. En este mismo periodo Almoloya fue centro importante de comercio de los poblados mineros de Zacualpan y Sultepec.

En la guerra de Independencia este municipio apoyó el movimiento y en 1812 Ignacio López Rayón ocupó Sultepec como centro de los insurgentes. Para 1817 Pedro Ascencio Alquisiras se mudó al municipio; después de su muerte el 13 de abril de 1869, por decreto de la Legislatura del Estado de México,  recibió su actual nombre en honor al insurgente del sur.

A consecuencia de la Revolución mexicana, el municipio fue ocupado por zapatistas y carrancistas entre los años 1912 y 1914; para 1916 y 1918 hubo saqueos y luchas en el pueblo.