Durante la época virreinal, en 1580, llegó a México la Compañía de Jesús, que decidió establecer uno de sus colegios más importantes en Tepotzotlán para centrarse en la evangelización de los indígenas. Asimismo, se inauguró el Seminario de San Martín, mediante el cual se reeducaba a los hijos de los indígenas más importantes, y en la Casa de Probación se aceptaba a los indios que estuvieran interesados en inscribirse en el noviciado para convertirse en jesuitas.
Muy pronto, la Compañía se vio en la necesidad de tener un establecimiento en el que se pudieran agrupar las actividades educativas, productivas y espirituales, así que en el siglo XVI comenzaron la edificación, que fue concluida hasta 1764, luego de pasar por diferentes etapas constructivas.
Los vecinos del pueblo donaron una casa sencilla que con aportes de benefactores, y el paso del tiempo, poco a poco se convirtió en un extenso complejo arquitectónico de cinco patios, dos molinos, un huerto, hospedería y templo. El colegio solo podía ser usado por los jesuitas, sin embargo, la hospedería y el templo eran espacios públicos, mientras que el seminario de San Martín era habitado por indígenas.
Debido a la orden de expulsión decretada por el rey Carlos III para la Compañía de Jesús, el colegio fue abandonado el 4 de julio de 1767. Casi un siglo después, en 1777, el arzobispo Alonso Núñez de Haro y Peralta ordenó la creación del Colegio Seminario de Tepotzotlán que se mantuvo en actividades hasta la mitad del siglo XIX. A finales de este, en 1870, la orden regresó al país, pero en 1914 hubo de irse definitivamente por los conflictos políticos en México.
Más tarde, el edificio fue declarado monumento nacional, y en 1963, el Instituto Nacional de Antropología e Historia (INAH) comenzó a restaurarlo para alojar aquí el Museo Nacional del Virreinato, que fue inaugurado el 19 de septiembre de 1964, siendo presidente de la república Adolfo López Mateos, con un acervo de más de 15,000 piezas de esa época.
La colección aquí resguardada tiene un origen diverso, en primer lugar se encuentran las piezas alojadas allí antes de la inauguración del museo, a estas se suman los objetos pertenecientes al lugar desde su construcción, como pinturas, esculturas, mobiliario y un acervo bibliográfico, que pertenecieron al Colegio y Casa de Probación de Tepotzotlán (1580-1767), al Colegio Seminario de Tepotzotlán (1778-1880) y al Colegio de San Francisco Xavier de Tepotzotlán (1870-1914), que formaron el antecedente del museo actual: el Museo Colonial (1918-1962).
El INAH, con el propósito de integrar un acervo representativo de la época virreinal, agrupó colecciones provenientes de diversos lugares, como el Museo Nacional de Antropología, el Museo Nacional de Historia, el Museo de Arte Religioso, el Museo de la Zona Arqueológica de Teotihuacán y el Museo Histórico de Churubusco. Más tarde se agregaron a estas colecciones algunas más, provenientes de la Biblioteca Nacional de Antropología e Historia, el Museo de la Charrería y el Departamento de Salvamento Arqueológico del INAH, así como objetos rescatados por la Procuraduría General de la República y donaciones de particulares.
El museo exhibe colecciones permanentes como Artes y oficios de la Nueva España y Monjas coronadas. Vida conventual femenina, así como colecciones temporales, y tiene un programa educativo de conservación, mediante el cual se hacen estudios analíticos e históricos, para diagnosticar las problemáticas de deterioro, y diseñar proyectos o programas interdisciplinarios para ejecutar medidas preventivas, ambientales y de intervención directa.
Si visitas Tepotzotlán, este es un punto de visita obligado con el que harás un recorrido por el apasionante arte virreinal de nuestro país.