A orillas del Camino Real, en la cumbre de una elevación por la que cruzaba el camino hacia San Pedro Tultepec, se levantó a finales del siglo XVI una capilla bajo la advocación de Nuestra Señora de la Merced. Este modesto templo de una nave tenía una torre de campanario, que fungió como un magnífico mirador hacia el camino, la ciudad y la ciénega.
En 1905 el templo, que según las crónicas se encontraba prácticamente derruido, tuvo una intervención gestionada por el presbítero José C. Infante. Se pretendía construir cuatro capillas laterales y ubicar al arco de medio punto como elemento arquitectónico básico. En 1910 se edificaron doce arcos, dedicados a cada uno de los benefactores del proyecto. No obstante, la obra fue interrumpida debido al estallido de la Revolución mexicana, ya que este edificio fue usado, desde 1913 hasta 1915, como cuartel por las facciones carrancistas y las zapatistas.