El proyecto se planeó en 1997, en 2001 se llevó a cabo y tuvo una reestructuración en 2006. El museo guarda una gran colección de piezas prehispánicas hechas en piedra labrada, cerámica y obsidiana; también conserva diversos fragmentos de murales al fresco realizados por los antiguos teotihuacanos. El recinto cuenta con uno de los acervos más importantes de pintura mural prehispánica; aquí puedes apreciar las técnicas, los materiales y las temáticas referentes a esta expresión artística.
El propósito principal del museo es mostrar al turista la antigua ciudad de Teotihuacán a partir de sus nueve salas temáticas, distribuidas en 13 más pequeñas, ordenadas cronológicamente. Éstas son:
1. Integración plástica.
2. El tiempo. Orientación urbana y pintura mural.
3. El juego de pelota y el inicio del tiempo.
4. Los temas en los murales prehispánicos.
5.a. Fases técnicas.
5.b. La técnica.
6. Reproducción del pórtico 25 de Tetitla.
7. Ideología y religión.
8. El conjunto del Sol. Zona 5-A y 9.
9. Sala informativa Beatriz de la Fuente (reconocimiento a la labor de la investigadora).